El CRF tiene como objetivo principal contribuir a evitar la pérdida de diversidad genética de las especies, variedades y ecotipos vegetales autóctonos y cultivares en desuso cuyo potencial genético sea susceptible de ser empleado en agricultura y alimentación. A todos estos materiales los llamamos Recursos Fitogenéticos para la Agricultura y la Alimentación (RFGAA). Estos recursos son la materia prima necesaria para la obtención de nuevas variedades adaptadas a condiciones cambiantes y para el desarrollo de nuevos sistemas agrarios. Muchos de estos materiales, no cultivados en la actualidad, habrían desaparecido si no se hubiesen conservado en instituciones como el CRF.